В 1513 году экспедиция Васко Нуньеса де Бальбоа (1475-1519 гг.) оставила карибскую сторону Панамского перешейка и пересекла его на запад в сторону Тихого океана, становясь первыми европейцами, которые увидели Большое Южное Море. В 1520 году три судна, которыми командовал Фердинанд Магеллан (1480?–1521 гг.), приплыли из прохода в проливе в южном наконечнике Южной Америки в Тихий океан, и именно Магеллану океан обязан своим названием — увидев его, путешественник сказал «мирный, спокойный, тихий». Экспедиция Магеллана через пролив длилась три месяца и двадцать дней, и была очень трудной. Тысячи островов в Tихом океане могли быть найдены Магелланом, но первыми он нашел и исследовал только три безлюдных островка, затем достиг Марианских островов (названные так в 1668 году) в марте 1521 года. Команда Магеллана убила нескольких аборигенов из-за того, что они воровали у них вещи, и Магеллан назвал эти острова Ладронскими, что с испанского языка переводится, как Острова Воров. Следующие три столетия европейского исследования, завоевания, и колонизации принесли более жестокие столкновения между европейцами и аборигенами в Океании.
В 1494 году была установлена Линия границ, согласованная между монархами Португалии и Кастилии; она определяла владения этих государств в Атлантическом и Тихом Океанах. Без точных хронометров определение долготы в те времена строилось на догадках, что приводило к возникновению проблем со спорными территориями. В частности, споры между двумя экспансивными государствами о положении «восток — запад» возникли на Филиппинских островах и Молуккских островах. Португальцы приложили все усилия для того, что установить контроль над Островами Специй в Юго-Восточной Азии. Тем временем испанцы исследовали необъятные просторы Тихого океана. Экспедиции Магеллана сопровождались другими экспедициями испанцев, отходящих от западных побережий, завоеванных ими земель. Экспедиция Гарсиа Хофре де Лояса (Garc?a Jofre de Loaysa) в 1525–1527 гг. переплыла южную часть Тихого океана с востока на запад, основывая испанское поселение в Тидоре (Tidore). Андрес де Урданета (Andr?s de Urdaneta) (1498-1568 гг.) плавал с экспедицией Лояса и изучал ветра и течения Тихого океана. Под командованием Мигеля Лопеса де Лагаспи (Miguel L?pez de Legazpi) (1510–1572 гг.), шесть судов пересекли океан под парусом от Гавани Ла Навидад в Мексике, и открыли и колонизировали Филиппины. Как исследователь и мореплаватель, Урданета правильно предположил, что из Филиппин судно могло приплыть на север — к Японии, и откуда при помощи ветров можно было быстро переплыть северный Tихий океан (в те времена большинство кораблей было парусниками и ветра играли главную роль в движении судна в открытом море), и добраться до побережья Северной Америки. Этот путь через Tихий океан использовался многими мореплавателями, торговцами и военными еще несколько столетий, в частности торговые галеоны, перевозящие грузы из Манилы в Акапулько и назад пользовались этим маршрутом до 1815 года.
Испанцы также плавали из Кальяо, портового города в Перу. Альваро де Менданья де Нейра (?lvaro de Menda?a de Neira) (1541-1595 гг.) в 1567 г. приплыл на запад из Перу в западную Меланезию. Испанцы назвали острова в честь библейского короля Соломона в надеждах на обнаружение легендарного золота и шахт Царя Соломона. Почти тридцать лет спустя, в 1595 году, Менданья оборудовал еще четыре судна, чтобы поплыть на запад от Перу и на сей раз высадился на островах, которые он назвал Маркисовыми, в честь жены вице-короля Перу. Команда Менданьи возвратилась на Соломоновы Острова, но колонии, после смерти Менданья перестали существовать. При Педро Фернандесе де Киросе (Pedro Fern?ndez de Quiros) (1565-1615 гг.), группа судов приплыла на Марианские острова и Филиппины. После некоторого времени в Маниле они вернулись уже известным маршрутом в Мексику и назад в Кальяо. В 1605 году Кирос снова поплыл на запад из Перу и нашел Острова Туамоту, но с надеждой на обнаружение легендарного большого южного континента, отправил два судна дальше на запад. Его заместитель, Луис Ваес Торрес (Luis Vaez de Torres) (1606 г.), пересек под парусом воды на запад от Соломоновых Островов. Пролив Торреса, отделяющий Новую Гвинею и Австралию, называют в честь него.
Ежегодная торговля на галеонах, центром которой была Манила на Филиппинах, происходила между маем и сентябрем, северный Tихий океан пересекался за шесть месяцев, суда прибывали в Акапулько к декабрю. По прибытию на западные берега Мексики товары с галеона разгружались для продажи и заменялись американским серебром, какао, кошенилью, маслом, и винами. Галеоны выходили в обратный путь в марте или апреле. Рейс — возвращение через Тихий океан занимал три месяца, с остановкой на Марианских островах для пополнения запасов пресной воды и провизии. Единственная постоянная европейская застава в Океании существовала на острове Гуам, самом большом из Марианских островов. Аборигены Чаморрос сотрудничали с европейцами, и встречали на своем острове европейские суда один раз в год.
В 1668 году Иезуиты получили поддержку от Королевы Марианны Испанской для того, чтобы начать насаждение христианства местным жителям. Большую роль в этой миссии сыграл Диего Луис де Санвиторес (Diego Luis de Sanv?tores) (1627-1672 гг.). Он первоначально приплыл на Филиппины, и отсюда начал свою миссию. Иезуиты прибыли на острова, чтобы обратить в христианство местных жителей, но они принесли с собой болезни, от которых у аборигенов не было иммунитета, трагические войны, в которых гибло местное население, и колониальное притеснение местных народов. Поскольку испанцы исследовали маршруты через Tихий океан, английские мореплаватели стремились получить богатство с испанских судов (как было упомянуто выше, португальцы и испанцы поделили между собой земли в Тихом океане, и представителям других народов пришлось, и воевать за земли в Новом Свете, и воровать у испанцев и португальцев). Френсис Дрейк (1540/1543-1596 гг.) приплыл через Магелланов пролив в сентябре 1578 года. Он заполнил свое судно добычей от набегов на испанские колонии и суда и, избегая захвата, приплыл на запад через Tихий океан, в конечном счете, совершив путешествие вокруг земного шара. В 1587 году Томас Кавендиш (1560–1592 гг.) был еще более успешным, когда он захватил галеон Санта-Ана из Манилы, полный золота, жемчуга, и шелков после его возвращения в Акапулько. Испанцам удалось защитить свои торговые маршруты, захватывая более поздних английских пиратов в плен, таких как Ричард Хоукинс (1560–1622 гг.), который сдался испанскому флоту у побережий Калифорнии в 1594 году.